Kanaryaların cinsiyetini en az 8 aylıktan önce anlamak mümkün değildir. Yani kuşlar erişkin olmalı ve çiftleşmeye hazır bir hale gelmelidir.
Kesin cinsiyet ayrımı için bilinen iki yol vardır. Bunlardan ilki, Kanaryaların üreme organlarına bakmaktır. Resimde görüldüğü gibi erkek Kanaryaların alt bölümü dik bir pozisyondayken, dişilerinki yatık bir haldedir.
Bir başka yöntem ise Kanaryaların gözlerinden ayrım yapmaktır. Yine resimde görüldüğü gibi göz ve gaga düz bir çizgi halindeyse erkek, gözleri gaganın biraz üstündeyse dişidir.
Bu iki kesin ayrım dışında dişilerle erkekler birbirinden farklı davranışlar gösterir. Erkek Kanaryalar dişilere göre daha cesur ve kararlıdır. Ötüşleri daha uzun ve özgüvenlidir. Dişiler yuvalarıyla erkeklere göre çok daha fazla ilgilidir.
